Обмен электронными документами подвергается жесткой регламентации со стороны государства. Первичные учетные документы, как и счета-фактуры, имеют обязательный электронный формат, использующийся при обмене между контрагентом и ФНС РФ. Кроме того, пользователи Портала ЭДО могут пересылать друг другу любые файлы, при условии, что все участники документооборота смогут принять их и обработать. Портал электронного документооборота позволяет обмениваться документами в форматах Word, Excel, PDF и других форматах. Факт подписания документа квалифицированной электронной подписью достаточен для придания ему юридической силы и после того как документ был подписан с двух сторон, он приравнивается к оригиналу с печатью. При этом квалифицированная электронная подпись не только придает документу юридическую силу, но и гарантирует, что контрагент не сможет внести в него изменения.